GIF章程为GIF活动提供了一般框架，并概述了其组织结构。上图是GIF治理结构的示意图，表示不同GIF主体之间的关系。

如GIF章程和GIF政策声明所述，GIF由政策组（PG）领导，该组负责GIF合作努力的总体指导，制定GIF活动的政策，并与第三方互动。

专家组（EG）向PG报告，负责审查合作项目的进展情况，并就所需行动向PG提出建议。该组就研发战略、优先事项和方法以及在系统安排（SA）框架内编制的研究计划评估向PG提供建议。

各系统安排（SA）的签署方已成立系统指导委员会（SSC），以规划和监督相应系统所需的研发。各GIF系统的研发活动通过一套由相关机构签署的项目安排（PA）实施。PA在广泛的技术领域（如燃料技术、先进材料和组件、能量转换技术、工厂安全）满足相应系统的研发需求。项目管理委员会（PMB）由各PA的签字人组成，以规划和监督项目活动；其主要目标是确定某个第四代系统在相关技术领域的可行性和性能。